當選后，羽翼未豐的他表面上十分“尊李”，在人事安排、政策路線等方面給足了李登輝面子：陳水扁選拔的“外交部長”田弘茂、“陸委會主委”蔡英文和“國防部長”湯曜明等，都是李登輝的愛將；而在大政方針上，陳水扁也堅持李登輝的“戒急用忍”大陸政策。李登輝以“臺獨教父”自詡，而陳水扁也以“臺灣之子”自居，兩人在政治理念上形成“父子”關系。

　　李登輝、曾文惠夫婦的獨子李憲文壯年早逝，一直是夫婦倆多年來的隱痛。2001年扁登門拜會李。當扁得知自己與李憲文同年，便主動向曾文惠說：“你們可以把我當作自己的兒子。”李登輝夫婦聽后相當感動。李登輝特別號召國民黨本土勢力，另組臺聯黨為扁“鞏固政權”。2004年臺灣地區領導人選舉時，在民進黨組織的“牽手護臺灣”的造勢活動中，已81歲高齡的李登輝賣力為扁輔選，大大拉抬扁連任選情。

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