1949年，國民黨退踞臺灣，原來在大陸的“福建省政府”一并“撤退”來臺，并設址于金門，管轄實際控制的金門等島嶼。這也是國民黨政權在大陸的省級行政機構中唯一“撤退”到臺灣的。1956年7月，臺當局“行政院”頒布“金門、馬祖地區戰地政務實驗辦法”，實施軍政一元化體制，也就是說對金馬地區實施軍事管制，“福建省政府”受命遷到臺北縣新店辦公。

　　1992年11月7日，金馬地區戰地政務終止，實施地方自治，“福建省政府”又奉命于1996年1月15日搬回金門。但這個時候，李登輝已經成功運作“凍省”和將省級建制“虛級化”。

　　目前，“福建省政府”受“行政院”指揮監督，為“行政院”的派出機關，其職責是監督縣自治事項，執行“省府”行政事務和其他法令授權以及“行政院”交辦事項，以“維系省政持續運作及扮演中央與地方政府之橋梁”，機構編制區區30人。(記者 陳夢婕)

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