2008年，國家基金委與李國鼎基金會達成務實推進、聯合資助海峽兩岸科學家開展科學研究的共識。此舉旨在共同支持兩岸科學家開展實質性合作與交流。

聯合資助的運行模式是：雙方資助機構根據共同關注的重要科學領域，組織兩岸專家學者召開學術研討會，確定聯合資助領域；雙方資助機構同時發布聯合資助項目指南，同時受理，各自評審，根據評審結果，雙方協商確認受資助項目。自2008年以來，雙方已經在地震、臺風、生物多樣性、光電材料、熱帶病醫學、光電醫學、水產生物資源、應對老齡社會的管理研究和天文科學等9個研究領域開展了聯合資助工作。

2017年3月雙方將發布年度聯合項目指南，4月受理申請截止（具體日期以基金委網站公布的項目指南為準）。大陸方資助將給予每個獲資助項目不超過170萬元人民幣的直接費用，總預算金額約為1000萬元人民幣。臺灣學者需與大陸學者聯合申請，分別向各自資助機構提交申請書和相關材料。2017年度雙方合作領域及具體研究方向以基金委網站公布的項目指南為準。

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